アクションRPGに分類される本作は、これまでのシリーズと同様、3D空間でキャラクターを操作して戦うというゲームスタイルをニンテンドーDS上で忠実に再現している。またそれだけではなく、シリーズ初となるマルチプレイ（多人数によるプレイ）、キャラクターの性能を全てパネルで制御する「パネルシステム」、HPが残り少ない時に発動可能となる切り札「リミットブレイク」など、様々な新要素を盛り込んでいる。

本作の最大の特徴として、1人プレイ用のストーリーモードと、マルチプレイが可能のミッションモードの2つのゲームモードが存在することが挙げられる。
ディズニーとスクウェア・エニックスのコラボレーション作品であるキングダムハーツシリーズ（以下KHシリーズ）の一作で、東京ゲームショウ2007において、シリーズ外伝作品の一つとして『キングダムハーツ バース バイ スリープ』『キングダムハーツ コーデッド』と同時発表された。

『キングダムハーツII』（KH2）の重要キャラクターであったロクサスを主人公とし、『キングダムハーツ チェインオブメモリーズ』（COM）と『KH2』の間の、ロクサスがXIII機関に所属していた時期を描く。この『COM』と『KH2』の2作で主人公のソラと敵対していたXIII機関が本作ではプレイヤー側の立場となるのも特徴の一つである。

DSの機能をフル活用するコンセプトだった『すばらしきこのせかい』とは反対に、本作はタッチスクリーンのようなDS特有の機能を使わず、なるべく従来のKHシリーズに似た操作性を追求するために操作はほとんどがボタン操作となっている。上画面にはキャラクターを操作する画面やイベントシーンが表示され、下画面にはマップや一部イベントシーン、パネルシステム、チャットリンゲージなど（後者2つについては後述する）が表示され、また下画面をスライドすることでカメラ操作が可能（カメラはボタンでも動かせる）。また数字が並んだ暗号のようなサブタイトルはディレクターの野村哲也が以前からつけたかったもので、『すばらしきこのせかい』では新作がそのようなタイトルでは敬遠されやすいという懸念から採用が見送られたといい、大きなネームバリューを持つKHシリーズのサブタイトルであれば問題ないということで今回採用された。タイトルの意味はクリアして初めてわかるという仕組みだが、その解釈は人によって異なると野村は語っている。

主題歌は『KH2』と同じく宇多田ヒカルの『Passion』。また、ディレクターの野村のデザインによるオリジナル仕様のニンテンドーDSiを同梱したバージョンも同時発売された。