アルミア地方が冒険の舞台。基本的なシステムは前作と同じである。「レンジャースクール」（ポケモンレンジャーの養成スクール）に通うところから始まる。レンジャースクールを卒業すると正式なポケモンレンジャーとなれる。今回はパートナーポケモン（17種類）を選ぶことができ、複数匹をパートナーにすることもできる。

前作と違い、ポケモンを一筆で囲み続ける必要はなく、一度ペンを離してもしばらくは「きもちゲージ」が継続し、それまでは続きで囲み続けられる。一筆で囲み続ける、ノーダメージでキャプチャーする等のテクニックを行えば、経験値にボーナスが加算され、ポケモンごとの評価も行われるようになった。キャプチャーしたポケモンの行動範囲の制約もなくなり、始めからアルミア地方の全ての区域で、どのポケモンも連れて歩けるようになった(水中の例外あり)。「ミッション」以外にも町の人々からの「クエスト」を受ける事によって、キャプチャースタイラーの強化も可能になった。

ニンテンドーWi-Fiコネクションや店頭で受け取ることができる、スペシャルミッションが期間限定で配布されている。2008年6月15日までは「マナフィのたまごをほごせよ!」、「つれさられたリオルをすくえ!」、「みんなのタワーをかいほうせよ!」が配信されていた。ミッションをクリアすると、ダイヤモンド・パールにそれぞれ、マナフィのタマゴ、「はどうだん」を覚えたリオル、ダークライを連れて行くことが出来る。