人々が平和に暮らす現在の時代と、ガノンドロフによって支配された7年後の未来の時代、2つの時代を超えて行き来する、時の勇者リンクの壮大な物語。
時代背景としては、シリーズを通してのゼルダの歴史の一番初めにあたる話、ハイラルが舞台。
3Dになっても「草や岩を持ち上げて投げる」や「ヒビの入った壁を爆弾で壊して進む」などの、従来2D作品でお馴染みだったアクションの感覚を3Dで完全再現しているところは、驚愕する点でもあった。