PCエンジン版「プロ野球ワールドスタジアム」は、1988年5月20日にナムコより発売された。先行して同タイトルでリリースされたアーケード版よりもFC版に近く、以下のような特徴がある。
エラー（落球）の導入
従来は悪送球のみ記録されたエラーがフライやライナーの落球でも付くようになった。落球した場合、野手はしばらく動けなくなりボールは野手の手前に転がる。
ブラボーズのレイルウェイズへの再統合
ファミスタ'87で一旦、独立したブラボーズが再度、レイルウェイズへ統合されている。なお、フーズフーズも健在であるがファミスタ'87でデモ画面のみ登場していたオリエンツは隠しチームとして登場する。
隠しチームの充実
ナムコスターズ及びファミスタ'87に登場したメジャーリーガーズに加え、以下の隠しチームが新たに登場している。メジャーリーガーズも本作では、プレーヤーが使用可能なチームではなく隠しチームになっている（このため、隠しチームは全6球団である）。なお、これらの隠しチームは基本的にCPU専用となっておりプレイヤーが使用することは出来ないが、対戦モードでは隠しコマンドの入力により2P側で選択・操作が可能になる。
オールドスターズ
略称「O」。プレイヤーが選択可能なチーム全てに勝利すると登場する。日本プロ野球のOB選手により構成される球団である。ファミスタ'88以降はオリエンツ（略称「O」）がフーズフーズから正式に独立した関係でMSX2版（1989年発売）では「オールドボーイズ」（略称「OB」）に、ファミスタ'89開幕版以降では「プロスターズ」（略称「P」）に球団名が変更された。なお、OB選手により構成される球団としては本作よりも早い1987年に発売された「燃えろ!!プロ野球」（ジャレコ）の「ST CLUB」が存在する。
オールドリームス
略称「A」。野球漫画に登場する架空の選手とおぼしき名称の選手により構成される球団。ファミスタ'89開幕版以降では「アニメスターズ」の名称で登場する。
特徴的な選手としては、エースの「ほし」（星飛雄馬がモデル）が大リーグボール2号（消える魔球）を投げることや1番打者の「はやみ」（速水譲次がモデル）はナムコスターズのぴのを凌ぐ俊足の持ち主であることが挙げられる。また、バットを振った状態では、ボールがどこにあっても当たり判定があるため、暴投同然のボール球やフォークボールも打ち返す事が可能。このため、空振三振に打ち取ることができない（対CPU戦では、CPUは見逃三振をしない）。
以下は通常のプレイでは出現せず、特定のパスワードを入力することによって登場する隠しチームである。
ブラックカラーズ（黒チーム）・レッドカラーズ（赤チーム）
略称の部分には何も表示されず、選手の全身が黒一色・赤一色のシルエットで覆われている。黒チームはナムコ以外のメーカーから発売されているタイトルを含むファミコン用のゲームソフト、赤チームは同じくナムコ以外のメーカーからリリースされているタイトルを含むアーケードゲームとおぼしき名前が付けられている。選手データはオールドリームスのものを流用。また、オールドリームスと違って空振三振に打ち取ることができ、エラーしやすくなっている。
オリエンツ（白チーム）
黒チーム・赤チームと同様、略称の部分には何も表示されず選手の全身が白一色のシルエットで覆われている。但し、選手名やデータは明らかにロッテオリオンズ（当時）がモデルと見られることから、他のシルエット2チームとは一線を画した存在である。
以下はナムコスターズ相手でかつ、ウオッチモードでしかないとプレイできない。
00チーム
意味不明な名前で打つ打球も打球処理が付いていかず、ファールかホームラン。ピッチャーも画面を跨ぐ玉を投げるが、わざと空振りをしないとデッドボールかファーボールであり、スタミナも異常にない。
球場のドーム化
発売年に東京ドームが開場したことを反映してか、球場がピッカリ球場からピッカリドームへ変更されている。場外ホームランを打つと、屋根に穴が開く。また、認定ホームランは無く、内野の屋根に高い打球が当たった時に選手がボールを取ろうとすると、通常の内野フライとなり、アウトとなる。