原作・監修は村上龍。同名の小説をベースに制作された。
五分後の世界という現代から五分ずれた、第二次世界大戦後も戦争を続けているパラレルワールドの日本を舞台に、7人の主人公により物語が展開される。最初は1人の主人公、サトルのストーリーのみしかプレイできないが、サトルがこの世界の住人と遭遇することで、他の主人公のストーリーがプレイ可能となる。本作はチェーンノベルという、主人公の1人が行った行動が他の主人公の未来に影響を及ぼし、それにより7人のストーリーが完結するというサウンドノベルの中でも独自の手法を取り入れている。

『街 〜運命の交差点〜』のシステムに似ているが、一人の行動により発生する連鎖的なストーリー展開を楽しむ設計となっているため、街のベストエンディングを迎えることを目的としたザッピングといった機能は搭載されていない。
作品の舞台は、小説『ヒュウガ・ウィルス 五分後の世界II』より後の世界となっている。

システム
シナリオナビゲーター
章
各主人公のストーリーは、第1章から最大第8章までで構成されており、ナビゲーター上に数字で章番号が表示される。再読後のストーリーの展開によっては、より短い章番号で終了となる場合もある。
ヒストリカルファクト
現在の各主人公のシナリオの展開状況により、画面上部にストーリー進行とは関係のない枠が最大30個表示される。ここには、現在既読されているシナリオに対応して、簡単な概略、あるいは五分後の世界の人物によるレポートなどが記述されており、別の切り口でストーリーを楽しめるようになっている。ヒストリカルファクトについては、未読、再読の着色は行われない。
エピソード
各主人公のストーリーとしてプレイヤーが経験したもののうち、特定のイベントについて「エピソード」という形であらすじを読み返すことができる。各主人公の各章ごとに登録されるエピソードの数は決まっており、未経験のエピソードについては空欄で表示される。
未読
未読は、章番号に赤色で着色することで表現される。ただし、新しく使える主人公が出た場合には、最初の1回に限り章番号が表示されない。あるシナリオの読破途中である場合には、他の主人公に未読があっても、現在読破中の主人公のシナリオを読み終えるまで、他の主人公のシナリオを読むことは出来ない。
再読
再読は、章番号に黄色、もしくは緑色で着色表示される。黄色はある主人公のストーリーを読んだことにより、既読章に大きな変化が発生した場合に、緑色は軽微な変化が発生した場合に着色される。黄色に着色された章は再読が必須である。

リアルタイムイベント
ビュークリック
各章の特定のストーリーには、各主人公に瞬時の判断を行わせるためのビュークリックというイベントが設定されている。プレイヤーは、画面上に表示されるムービー上で照準を動かし、一定時間内に何をするかを決定する必要がある。ビュークリックで行う内容は、目的は国連軍の戦車の破壊であったり、情報探索であったり、要人の暗殺であったりとさまざまであるが、ストーリー展開上の大きな分岐点となっているケースが多い。

時代背景
年代
五分前の世界は2000年ころのため、五分後の世界も同様だが、五分後の世界は第二次世界大戦後も、いまだに戦争を続けている日本が舞台となっている。
日本の状況
五分後の世界では日本は分割統治され、北海道、東北の一部、北陸の一部、紀伊半島、中国、四国、九州は他国の支配下にある。地上に土地を持たず食料を自給することができないため、独立国家としては非常に不利な状況にあるが、圧倒的な戦闘力と、あらゆる分野において世界の追従を許さない技術力を保持しているため、技術や人材との対価としてDMZを確立することに成功している。
他国との関係
在日米軍は存在せず、かわりに国連軍という米軍部隊が駐留している。国連軍とは日々戦闘が繰り返されており、敵対関係にある。実際には中国、ロシア軍も日本列島に駐留し、同様に敵対しているが、本作では登場しない。イギリスが四国を一時占拠していたとの記述が小説にあるが、本作中の情勢は不明。