トワイライトタウンに住む少年ロクサスは、残り少ない夏休みを仲間のハイネ、ピンツ、オレットらと共に楽しく過ごしていた。しかし、この頃になって急に見知らぬ少年の夢を見たり、街で自分にしか見えない現象が起こったりと、身の回りでおかしなことばかりが起こる。そしてロクサスが本当の自分、過去の出来事の全てを思い出してソラと出会った時、彼の夏休みは終わりを告げた。

ソラ、ドナルド、グーフィーが眠りから覚めると、そこはトワイライトタウンだった。訳も分からず街を探索する内に王様と出会うが、列車に乗る様告げるとどこかへ消えてしまう。王様の命令のまま列車に乗ると、不思議な塔に辿り着いた。そこでソラたちは王様の師匠であるイェン・シッドから、世界に再び異変が起きていることを知らされる。ノーバディと呼ばれる怪物を率いるXIII機関が暗躍しているというのだ。ソラは3人の妖精に服を変えてもらい、装いも新たに、再び世界を駆け巡る冒険に出発する。
概要
これまでのシリーズと同様、ディズニーとスクウェア・エニックスのコラボレーションとして、ディズニーとファイナルファンタジーシリーズから多数のキャラが出演。野村哲也がディレクターを務め、主題歌は再び宇多田ヒカルが『Passion』（英語版は『Sanctuary』）で担当した。ディズニーからはトロンやイェン・シッドといったマイナーな作品や人物が登場し、FFからは『FFIX』のような野村がキャラクターデザインをしていない作品も出るようになった。
基本的なシステムとしては第1作『キングダムハーツ』とあまり変わらないが、カメラワークの変更や新システムの導入により、第1作とは趣の変わった戦闘が出来る様になり、戦略の幅が広がっている。戦闘以外にも、第1作ではセーブポイントでしか変えられなかったパーティメンバーをどこでも変更出来るようになったり、ダンジョンが単純化（それに伴いジャンプアクションも減少）、ワールド間の移動「グミシップ」がよりシューティングゲームらしくなっているなど、様々な変更点がある。