オフィシャルモードとミッションモードの二種が存在し、オフィシャルモードでは、「機動戦士ガンダム」「機動戦士Zガンダム（劇場版を含む）」「機動戦士ガンダムZZ」の物語を再現したストーリーモード。これに対し、ミッションモードは、全作品のキャラクターが入り混じり、各作品のネタを元に構築されたパロディーシナリオとなっている。
シリアスなものからギャグまで多種多様なシナリオが混在しており、本家無双シリーズに近いものとなっている。
各キャラクター毎のストーリーミッションと、全キャラクター共通のフリーミッション・コレクションミッション・フレンドシップミッション・エキストラミッションが存在する。各キャラクターには友好関係が存在し、戦闘内容の如何によって、新たなミッションやキャラクターが登場する。