プレイヤーの分身となるキャラクターを作成し、「一年戦争」から「デラーズ紛争」、そして「グリプス戦争」の、宇宙世紀を題材にした様々なミッションを戦い抜く。前作「バトルロワイヤル」の1.5倍のミッションが用意されており、宇宙ステージ、水中ステージも追加される。さらにガンダムZZ、0083、逆襲のシャアからもMSやキャラクターが参加する。

ミッションに成功するとそれに応じてモビルスーツをカスタマイズできる。

前作からの変更点としては、段階が分かれているミッションがある(例えばまず要塞の外部を制圧した後、内部に侵入して施設を制圧する)ことや、行動によってミッション内容が分岐するようになった(例えば、前半で2種類ある離脱地点のどちらに到達したかで後半の敵や目的が変化する)。また、武器のチューンが個別改造になり、リロード速度や弾数も変更できるようになったほか、通常より多くのポイントを消費することでゲージの最大値を超えて能力を上げられるオーバースペックチューンが可能になった。

登場MSは前作が約80種類だったのに対し、60種類を追加し、総勢140種類になる。新規追加機体の中には「Sガンダム」、「ディジェ」、「ガブスレイ」、「サイコガンダムMk-II」、「バウンド・ドック」、「ZZガンダム」、「キュベレイ」、「ジ・O」、「νガンダム」、「ガンダム試作１号機フルバーニアン」、「ガンダム試作2号機(サイサリス)」、「サザビー」、「ガーベラ・テトラ」、「ガンダム試作3号機デンドロビウム」、「クィン・マンサ」、「ジム・クゥエル」なども存在する。

また、本作では全てのステージでワイヤレス通信機能を使った4人同時プレイが可能。

今作は公式HPや攻略雑誌などで公開されているパスワードを入力することで様々なエクストラミッションが遊べるようになる(クリアすることで新しい機体がもらえるミッションもある)。