新規キャンペーンは「第一次ネオ・ジオン抗争」と「第二次ネオ・ジオン抗争」が追加。前作『クロニクル』のデータをコンバート可能となっており、前作で獲得した機体や育成したパイロットのデータはほぼそのまま本作にて引き継ぐことができる。また新規ステージとして「宇宙鉱山」「平原」「空中」が追加された。これらの新規ステージは前作までのステージよりもマップが広くなっており、シリーズの持ち味である高機動戦に配慮した形となっている。

前作のミッション数は144、搭乗機体数は総計148だったが本作においては開発時に「200」をキーワードにしたとスタッフは語っており、その言葉の通りミッション数、機体数共に200を大幅に上回る数となっている。ミッション数の更なる増加に伴い分岐ミッションは失敗しても途中からやり直し可能となるなどの変更が加えられている。

また、本作では新たに「スキル」と「指示」というシステムが導入された。スキルは各パイロットに発動条件等が異なる物が1つずつ、合わせて2つ付与されており、「スナイパー」「ジャンク屋」「IF貫通」「冷酷」「身軽」「姿勢制御」など様々な効果を持つ能力を備えている。 指示はミッション中にプレイヤーの僚機（CPU）に特定の操作を命令することができる。「射撃優先」「格闘優先」「SPA優先」「回避優先」の4つを状況によって判断、指示を下すという形になる。