1992年にセガ初の本格3DCGハードウェアを使用した『バーチャレーシング』を発売した。以降の作品『バーチャファイター』『F355チャレンジ』はいずれも反響をよんだ。特にバーチャファイターシリーズは社会現象とも言えるほどの大ヒットとなり、同社の看板タイトル、また鈴木裕自身の代表作として知られるようになった。鈴木裕自身は当初3Dには否定的であったという噂話が出回っているが、自著『鈴木裕 Game Works Vol.1』によると、実際には彼は大学生の頃から3Dを研究しており、バーチャファイター開発の際もプロトタイプを自身のパソコン上で開発していた。

1990年代後半からは家庭用ゲームソフトの開発に携わり始め、1999年にドリームキャストの超大作『シェンムー』などを開発。制作費50数億円と比較して商業的には振るわなかったが、世界各国で賞を受賞し、スティーブン・スピルバーグ監督が絶賛するなど、特に海外で評価が高い。スピルバーグ監督と会談した際に、スピルバーグの方から鈴木裕にサインを求めてきた話は、宮本茂がポール・マッカートニーにサインを求められた話と共によく引き合いに出される。

2004年に中国向けWindows用MMORPG『シェンムーオンライン』を制作発表したが、その後セガが中国でのオンラインゲーム事業より撤退したため発売未定のまま凍結状態になっている。また、2005年にはタッチパネルで操作するアーケード用タイトル『ΨΦ PSY-PHI』が発表されロケテストが行われたが、発売は中止となった。

2007年9月にアーケード用レースゲーム『SEGA-RaceTV』が発表された。開発は鈴木裕直轄チーム「AMプラス研」名義となっている為、彼の最新作は今作になる。2008年2月から稼動中。